El Coro es de planta rectangular cubierto por bóveda con nervaduras sexpartitas y se comunica con el claustro principal del convento, sillería del siglo XVI y pinturas murales realizadas por Francisco de Herrera en 1630. Tras su reja, en el trascoro, se encierra en una urna de cristal la momia incorrupta de Doña Maria Coronel que puede visitarse los días 22 de diciembre y el órgano barroco de 1700 que describió el poeta Gustavo Adolfo Bécquer en "Maese Pérez el organista".

Obras de interés:

El retablo mayor fue realizado entre 1719 y 1748 por Fernando y Francisco José de Medillina. Está presidido por talla de "Santa Inés" obra de Ocampo y figuras de Remesal: "Juan Evangelista", "Juan Bautista" y en el ático "San Pascual Bailón" y "San Antonio".

Retablo neoclásico presidido por imagen de "San Blas", realizado esta en 1617 por Juan de Mesa.

Retablo de "La Virgen del Rosario". Imagen del siglo XVIII rodeada por obras anónimas de estilo flamenco: "San Sebastián, la Degollación del Bautista, San Pedro y la Misa de San Gregorio".

Mencionar los famosos Bollitos de Santa Inés elaborados por las monjas.

Cada día 2 de diciembre se expone al público el cuerpo incorrupto de Doña María Coronel permaneciendo la iglesia abierta por la mañana.