El templo se termino de construir en 1489. Doña Isabel Enríquez patrocinó la construcción de la iglesia, con la condición de 
ser sepultados ella y su familia en la Capilla Mayor.
Se accede al templo a través de un compás con portada de ladrillo del siglo XVI rematada con azulejo de Santa Paula del siglo XIX.
Templo de una sola nave cubierto por artesanado con tirantes obra de Diego López de Arenas (1623). Su interior se decora con zócalo de azulejos y arcosolios. La capilla mayor se cubre por bóveda con nervadura decorada y arco sostenido sobre pilastras.
La portada del templo es obra de Niculoso Pisano y de pedro Millán quien realizó los adorno circulares rehundido en la rosca del arco que representan a “Santa Elena, San Antonio de Padua con San Buenaventura, San Pedro con San Pablo, San roque con San Sebastián, San Cosme con San Damián y Santa Rosa de Viterbo”. En el centro de todos, "la Natividad”, obra de Andrea della Robbia. Niculoso Pisano remató la portada con querubines, azulejos y escudo real con yugo y flechas rodeados de grutescos.
El retablo mayor (1730) es obra de José Fernando de Medinilla presidido por "Santa Paula " obra atribuida a Andrés de Ocampa de finales del siglo XVI. La acompañan imagen de la “Inmaculada”, relieve de “San Jerónimo” y esculturas de “San José con el Niño”, “San Blas”, “San Antonio de Padua” y “San Agustín”.
Retablo de "San Juan Bautista" obra de Felipe de Rivas (1637) presidido por imagen titular realizada por Martínez Montañés, flanqueado por “Santa Ana” y “Santa Isabel”, y sobre ellas, ángeles con las cabezas de las dos Virtudes y Bautista. En el ático, “El Bautismo”, obra de Felipe de Rivas.
Retablo de “San Juan Evangelista” obra de Alonso Cano (1635). Se encuentra presidido por imagen titular obra de Martínez Montañés acompañado por pinturas de “Santa Catalina de Sien” y “San Antonio de Padua”.
Retablo del “Stmo. Cristo” fechado en 1635 presidido por “Crucificado” de finales del siglo XV.
Mencionar pinturas de "Santa Paula" que representan escenas de su vidarealizadas por Domingo Martínez (1730), dos ángeles lampareros de Bartolomé García (1730), "La disputa de San Jerónimo" de Francisco Herrera, la escultura de "la Virgen del Carmen" de Juan Correa y los lienzos de Domingo Martines.
