En el tercer ciclo del siglo XVI se fundó otra corporación de cofrades llamándose la cofradía de los Sagrados clavos de Nuestro Señor Jesucristo y San Juan Evangelista
realizando su estación de penitencia el Miércoles Santo de 1595 con tres pasos: la Apocalipsis, un Cristo Crucificado y la Dolorosa. Ambas cofradías decidieron unirse en 1626 formando una sola, llamada Cofradía de San Juan Evangelista, Clavos de Nuestro Señor Jesucristo y Madre Dios. A partir del siglo XVII tuvo importantes ingresos aunque estuvo un tiempo desasistida y a finales de siglo incorporaron nuevas tallas y enseres.
En 1721 se hundió el techo de la capilla y hubo que vender enseres para poder hacer frente a la restauración. En 1798 se unió a la congregación del Corazón de Jesús y se aprobaron nuevas Reglas, teniendo que abandonar su capilla debido a la invasión francesa, volviendo a esta posteriormente, teniendo de nuevo que abandonarla en 1835 por motivos profanos que se producían en los conventos de las Carmelitas 
perdiéndose todas sus imágenes menos la del Señor y la Virgen de la Cabeza.
En 1859 consiguieron reorganizarse volviendo a realizar su estación de penitencia el Miércoles Santo de 1864, teniendo de nuevo que abandonar su capilla por la revolución de 1868 instalándose definitivamente en la Iglesia de San Vicente. Sus imágenes titulares son el Santísimo Cristo de las Siete Palabras, Nuestro Padre Jesús de La Divina Misericordia y Nuestra Señora de la Cabeza.
Imágenes:
Cristo de las Siete Palabras: Obra del siglo XVI atribuida a Jerónimo Hernández y restaurada por Emilio Pizarro. Su paso es de madera tallada y dorado en línea barroca con candelabros de guardabrisas tallado por Ricardo Reguera en 1865. Las potencias y casquetes de la cruz son de plata dorada.
Nuestro Padre Jesús de la Divina Misericordia: Representa a un Nazareno con la Cruz a cuesta camino de la crucifixión, se atribuye a Felipe de Rivas (1641) y ha sido restaurado por Ortega Bru (1976).Su paso es de plata de ley de estilo barroco, lleva ángeles en plata de ley con atributos eucarísticos situados atrás y delante del paso e iluminado por cuatro faroles plateados.
Virgen Nuestra Señora de la Cabeza: Imagen realizada por Emilio Pizarro en 1878. Su paso es de estilo barroco con crestería de plata y manto de la Virgen de terciopelo granate bordado en oro y corona de plata dorada.
